Seit Juni 1990 Vorsitzender der SPD "Ost", wurde Wolfgang Thierse auf dem Vereinigungsparteitag der SPD Ende September 1990 zum ersten Mal in das Amt des Stellvertretenden Parteivorsitzenden gewählt. Bis 2005 kandidierte er auf den darauffolgenden Parteitagen, dem obersten Gremium der Partei, und wurde jeweils wiedergewählt.
Parteivorstand
Beim Parteitag der SPD im November 2005 in Karlsruhe kandidierte Thierse nach 16 Jahren nicht wieder für das Amt des stellvertretenden Parteivorsitzenden, war jedoch weiterhin als Mitglied des Vorstandes im Parteivorstand tätig. Auf dem Parteitag im November 2009 kandidiert er allerdings nicht wieder für den Parteivorstand.
Parlament
1990 war Thierse Mitglied der sozialdemokratischen Fraktion der einzigen frei gewählten Volkskammer in der DDR. Von 1990 bis 2013 war er Mitglied der SPD-Fraktion im Deutschen Bundestag.
Schwerpunkte der politischen Arbeit
Die Schwerpunkte der parteipolitischen Arbeit von Wolfgang Thierse liegen vor allem in den Bereichen: